首先是毒性問題。盡管到目前為止并沒有有說服力的研究報告表明這些改良品種有毒，但一些研究學者認為，對于基因的人工提煉和添加，可能在達到某些人們想達到的效果的同時，也增加和積聚了食物中原有的微量毒素。這種毒素的積累是個相當長的過程，但它確實可能正在進行中，因此目前誰也不能確保這些改良品種沒有毒。 其次是過敏反應問題。對于一種食物過敏的人有時還會對一種以前他們不過敏的食物產生過敏，原因就在于蛋白質的轉移。例如科學家將玉米的某一段基因加入到核桃 、小麥和貝類動物的基因中，蛋白質也隨基因加了進去，那么，以前吃玉米過敏的人就可能對核桃、小麥和貝類食品過敏。 第三是營養(yǎng)問題。科學家們認為外來基因會以一種人們目前還不甚了解的方式破壞食物中的營養(yǎng)成分。 第四是對抗生素的抵抗作用。當科學家把一個外來基因加入到植物或細菌中去，這個基因會與別的基因連接在一起，這種連接的成功與否決定了這個外來基因是否被原有的基因所接受。人們在服用了這種改良食物后，食物會在人體內將抗藥性基因傳給致病的細菌，使人體產生抗藥性。 第五是對環(huán)境的威脅。在許多基因改良品種中包含有從桿菌中提取出來的細菌基因，這種基因會產生一種對昆蟲和害蟲有毒的蛋白質。這種基因可使農民不再使用人工合成的殺蟲劑，但生物學家警告說這也容易使昆蟲產生抗藥性。如果是這樣的話，那么這種改良品種和它的后代就都沒有使用價值了。此外，在今年5月份的一次實驗室研究中，一種蝴蝶的幼蟲在吃了含桿菌基因的馬利筋屬植物的花粉之后，產生了死亡或不正常發(fā)育的現(xiàn)象 ，這引起了生態(tài)學家們的另一種擔心，即那些不在改良范圍之內的其它物種有可能成為改良物種的受害者。 最后，生物學家們擔心為了培養(yǎng)一些更具優(yōu)良特性??比如說具有更強的抗病蟲害能力和抗旱能力等??而對農作物進行的改良，其特性很可能會通過花粉等媒介傳播給野生物種。
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