【生態(tài)環(huán)境問題】
1.流域生態(tài)環(huán)境日漸惡化
有關資料表明，長江流域中上游森林植被已遭到嚴重破壞，流域生態(tài)環(huán)境日趨惡化。在歷史上，長江中上游是森林資源豐富的地區(qū)。20世紀初，森林覆蓋率約為30％，到解放初下降到20％，20世紀60年代初又下降到10％左右，而近20年來，又是長江流域上游一些地區(qū)砍伐森林最嚴重的時期之一。如今宜賓以上的長江三大干支流中，金沙江和大渡河兩岸的森林已所剩無幾，岷江和嘉陵江流域的大片植被也遭到破壞。由于濫砍森林造成水土流失加劇。根據國家環(huán)保局環(huán)境工程評估中心提供的數據，長江流域的水土流失面積已從20世紀50年代的36萬km2增加到20世紀90年代的56.2萬km2，占流域總面積的33.1％。20世紀90年代長江每年流經三峽的泥沙量已達7.2億噸，與尼羅河、亞馬遜河、密西西比河三條大河的輸沙總量相當。嚴重的水土流失導致如下后果：一是耕地減少，人均耕地銳減。四川、貴州、云南等省人均耕地已降至0.057公頃左右，而且該地區(qū)失土的石山面積還在以每年5％—7％的速度擴大。二是導致中下游河道湖泊淤積，荊江成為“懸江”。20世紀50年代至80年代，長江中下游的湖泊面積由2.2萬km2減少到1.2萬km2，減少了45.5％。這樣，上游流失的水土，流到中下游，天然蓄調器（湖泊）又被淤積了，河水只能匯集到已被泥沙淤積抬高的行洪道上，因此，即便是中等洪水也往往形成大災。
2.水資源嚴重污染
目前長江干流及支流、湖泊均不同程度地受到了污染。由于長江干流水量充沛，稀釋能力強，干流水質處于較好水平，一級支流處于輕污染水平，二、三級支流處于中度污染水平。但是，必須指出，長江干流的大中城市區(qū)段水質已處于輕污染或中度污染水平，而且，近幾年來，干流和一、二、三級支流及湖泊的水質變化均呈下降趨勢。據有關部門測試，全國水資源污染嚴重的城市幾乎集中于長江流域，它們是：上海、南京、杭州、南通、武漢、黃石、重慶、成都等。江河湖泊遭到嚴重污染的有：上海的蘇州河和黃浦江、南京的秦淮河、南通的通呂運河、武漢的東湖等。造成長江流域水污染的主要污染源是工業(yè)廢水和生活污水。
3.嚴重的大氣污染和酸雨
長江流域的大氣環(huán)境也受到了不同程度的污染，主要的污染區(qū)域集中于城市。就總體而言，流域內50萬人口以上的大城市，尤其是100萬人口以上的特大城市，大氣環(huán)境污染程度高于中小城市，工業(yè)城市的大氣污染程度高于一般城市。長江流域內酸雨污染也很突出，現已產生了以重慶和南昌為中心的兩個污染嚴重的酸雨區(qū)，這兩地區(qū)酸雨出現的頻率高達90％左右，并且其范圍仍在擴展。大氣污染和酸雨造成了嚴重的經濟損失，以重慶市為例，1994年出現4次酸性“黑雨”，造成土地酸化，樹木成片死亡，年損失5億—6億元。造成長江流域大氣污染的主要因素有：工業(yè)廢氣及二氧化硫、工業(yè)煙塵污染、能源結構不合理、汽車尾氣污染等。
【流城協(xié)調發(fā)展問題】
1.東西向交通基礎設施滯后
長江流域的交通基礎設施已初步形成了水運、鐵路、公路、航空相結合的綜合運輸體系，但尚未形成綜合大交通體系，運輸設施相對落后。具體表現在：鐵路、公路干線以縱向通過型為主，缺少橫向鐵路、公路干線的通道；沒有形成東西橫向出海的綜合運輸大通道，上游地區(qū)的重慶、成都直達上海的大通道除水運、航空外，鐵路、公路均不能直達。由于沿江東西向交通基礎設施滯后，造成長江上中下游地區(qū)之間經濟聯(lián)系薄弱，經濟發(fā)展整體性差，資源優(yōu)勢轉化渠道不暢，缺乏快速有效的交通通信紐帶和緊密的經濟互動，工業(yè)與城市大多呈不連續(xù)的帶狀分布，沿江產業(yè)帶明顯斷開。
2.地區(qū)封鎖與諸侯經濟突出
長期以來，長江流域內地區(qū)封鎖與諸侯經濟一直比較突出，導致沿江各省市產業(yè)結構明顯趨同，成為阻礙和制約沿江經濟帶形成和整體實力提高的突出問題。究其原因，主要是由于條塊分割現象尚未完全消除，政策法規(guī)不健全，生產要素市場分割，價格體系不合理，政企不分，各種生產要素被固化在不同的隸屬關系中等造成的。
【長江流域生態(tài)環(huán)境問題的特殊性】
（一）影響的快速性
流域上游降暴雨產生的洪峰很快就會從河流上游傳遞到中下游，給抗洪搶險帶來難度，難以在較短的時間內集中大量的人力、物力。
（二）影響范圍的廣泛性
作為流體的水，用來作載體和輸送動力，有強烈的滲透性、擴散性。沿江一個城市污水排放，污染帶長度小則數十公里，多則上百公里，污染帶寬度小則數十米，多則上百米甚至上千米。如果超過自凈能力，整個河流都要受到污染。1992年至1993年調查評價長江干流總長790km，平水期污染帶總長452km，占評價河長的57％。
（三）影響的持續(xù)性
流域上游以往的森林砍伐，不僅會導致以往的水土流失，還可能造成將來的水土流失；以往水土流失造成的河道、湖泊淤積不僅引發(fā)以往之洪災，還可以引發(fā)未來的洪災。
（四）影響的逐級放大性——“喇叭效應”
一般而言，河流越往下游，因其接納的支流越多，徑流量也就越大。沿岸如果只有少數城市達不到排污標準，只要這些城市排污量還沒有超過河流的自凈能力，其對下游的影響就會隨著河流的自凈而趨于減少。相反，如果沿岸較多或全部城市都達不到排污標準，且排污量超過一定閥值，則越往下游，污染越嚴重，產生疊加效果。而大河流域的中下游地區(qū)經濟發(fā)達、人口稠密、城市林立，故其影響也會越來越大。
（五）危害的嚴重性
隨著經濟發(fā)展及人民生活水平的提高，長江流域洪災所造成的損失越來越大。若不考慮價格因素，1954年特大洪災直接經濟損失不超過100億元；1995年直接經濟損失592億元；1996年（6月、7月份統(tǒng)計）直接經濟損失700億元；1998年長江流域水災的直接經濟損失在2000億元以上。這幾年洪水都比1954年小，但災情卻比1954年嚴重。災后重建家園，綜合治理水患也將需要數千億元。
（六）治理的艱巨性
以治水來說明。洞庭湖區(qū)現有的堤防已加高了4次，平均每10年加高一次，每年加高加固大堤的土石方近3000萬m3，共投入勞動工日6億多個，完成10.6億m3的土方。若將這些土方堆成1米見方的土堤，可繞地球赤道30圈。然而，這樣的大堤仍只能防5年—10年一遇的大水，若要防像1954年那樣大水，堤防須再加高3米—4米，總土量將為建國以來筑堤總量的2倍。
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