多年來，遺傳學(xué)家HeleneRoyo使用商業(yè)軟件分析自己的研究數(shù)據(jù)。她將DNA從發(fā)育中的小鼠精子里提取出來，送去分析，然后利用名為GeneSpring的軟件研究結(jié)論�！白鳛橐粋�(gè)科學(xué)家，我希望能理解自己做的任何東西。”她說，“但這類分析不允許這樣：我只是按個(gè)按鈕，并得到答案�！钡S著Royo比較不同染色體基因活性的研究日益復(fù)雜，她意識(shí)到商業(yè)工具已無法滿足她的數(shù)據(jù)處理需求。
之后，Royo有了一個(gè)選擇：將基因序列發(fā)給專家或自己學(xué)著分析數(shù)據(jù)。她決定冒險(xiǎn)一試，并開始學(xué)習(xí)如何用免費(fèi)的開源軟件包R解析數(shù)據(jù)。它幫助Royo所在的瑞士巴塞爾弗雷德里希米歇爾研究所生物醫(yī)學(xué)研究中心在軟件上運(yùn)行了常規(guī)課程。但她還沿行著一個(gè)更寬廣的趨勢：對于那些嘗試放棄使用商業(yè)軟件的學(xué)者而言，R是可供選擇的數(shù)據(jù)分析工具。
除了免費(fèi)外，R受歡迎的部分原因是它對不同使用者呈現(xiàn)不同面貌。首先，它是一種編程語言，要求經(jīng)由命令行輸入，這似乎禁止非編碼者使用。但初學(xué)者能夠調(diào)用預(yù)先設(shè)置的軟件包，其中包含了已經(jīng)做好的統(tǒng)計(jì)分析和數(shù)據(jù)可視化命令。“R非常簡單，它能為我做任何事。”Royo說。
而這也是R的開發(fā)者在上世紀(jì)90年代研發(fā)該軟件包的初衷。新西蘭奧克蘭大學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)家RossIhaka和RobertGentleman對計(jì)算機(jī)十分感興趣，但是缺乏需要的實(shí)際軟件。因此，他們開發(fā)了一種能執(zhí)行自己需要的數(shù)據(jù)分析的編程語言。R正是取自開發(fā)者名字的首字母。
在互聯(lián)網(wǎng)興起之初，R迅速吸引了全世界需要統(tǒng)計(jì)軟件和樂于貢獻(xiàn)點(diǎn)子的科學(xué)家的興趣。Gentleman和Ihaka決定公開他們的源代碼，而編碼專家迅速開發(fā)出針對特定領(lǐng)域的預(yù)編程程序和命令�！拔夷軐懗鎏煳膶W(xué)領(lǐng)域的人適合使用的軟件。但如果是天文學(xué)者為同領(lǐng)域的其他人寫軟件會(huì)更好�！盙entleman說。
荷蘭皇家海洋研究所海洋學(xué)家KarlineSoetaert也同意該觀點(diǎn)。2008年，她計(jì)劃檢查斯凱爾特河河口附近浮游生物的健康情況。Soetaert想要使用沿河收集的數(shù)據(jù)計(jì)算浮游動(dòng)物的死亡速度，但R無法做到。為了解決該問題，她與兩位生態(tài)學(xué)家開發(fā)了deSolve??寫入R的首個(gè)程序包，以解決微分方程。她提到：“其他軟件也能計(jì)算，但卻昂貴且是閉源的。”現(xiàn)在，流行病學(xué)家也使用deSolve模擬傳染性疾病，基因?qū)W家用它研究基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，藥物開發(fā)者則將其用于藥物代謝動(dòng)力學(xué)。
到2003年，R首次發(fā)布10年之后，科學(xué)家已經(jīng)開發(fā)出超過200個(gè)程序包，而且有關(guān)“R項(xiàng)目”的首個(gè)引用出現(xiàn)�，F(xiàn)在，已經(jīng)出現(xiàn)了針對各種專業(yè)的近6000個(gè)數(shù)據(jù)包。它們幫助科學(xué)家比較人類和尼安德特人基因組、建模人口增長、預(yù)言股票價(jià)格等。專家能使用R繪制手稿，他們可以嵌入源代碼，通過knitr編譯直接生成一份報(bào)告。2013年，在愛思唯爾的斯高帕斯數(shù)據(jù)庫索引的科學(xué)文章里，有近1%援引了R或其中一個(gè)數(shù)據(jù)包，而在農(nóng)業(yè)和環(huán)境科學(xué)領(lǐng)域，這個(gè)比例更高。
對于許多使用者而言，R作為統(tǒng)計(jì)學(xué)軟件的質(zhì)量十分引人注目。美國田納西州大學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)家RobertMuenchen表示，該工具與SPSS和SAS等商業(yè)數(shù)據(jù)包一樣。在過去10年中，R已經(jīng)趕上并超過了市場領(lǐng)導(dǎo)者�！按蟾旁�2014年夏天，R已經(jīng)變成了使用量首屈一指的統(tǒng)計(jì)學(xué)程序包�！彼f。
在基因組學(xué)和分子生物學(xué)領(lǐng)域，一個(gè)名為Bioconductor的軟件項(xiàng)目緊隨R之后。它能幫科學(xué)家處理和比較龐大的基因序列，利用基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫等數(shù)據(jù)庫查詢結(jié)果以及上傳數(shù)據(jù)到數(shù)據(jù)庫。它包含近1000個(gè)程序包，其中一些能幫助將新一代測序?qū)嶒?yàn)得出的數(shù)百萬DNA片段與有注解的基因相連。
隨著對R的鉆研，Royo接受了密集訓(xùn)練：在弗雷德里希米歇爾研究所生物信息學(xué)部負(fù)責(zé)人MichaelStadler的監(jiān)督下，她花費(fèi)了約半年時(shí)間研究R和Bioconductor。伯克利數(shù)據(jù)科學(xué)研究所生態(tài)學(xué)家KarthikRam表示，現(xiàn)在有足夠的機(jī)會(huì)去學(xué)習(xí)R。Ram主動(dòng)幫助科學(xué)家學(xué)習(xí)和開發(fā)R。他和同事免費(fèi)提供培訓(xùn)課
程，不需要任何現(xiàn)有編程技巧，并能針對科學(xué)家的特殊問題。
加州圣地亞哥州立大學(xué)生態(tài)學(xué)家MeganJennings接受了相關(guān)培訓(xùn)。她追蹤山貓、美洲獅和其他野生動(dòng)物，以理解它們的行為。最終，36臺(tái)相機(jī)在1年時(shí)間里拍攝了40多萬張時(shí)間標(biāo)記照片。最初，她手動(dòng)選擇出想要的照片，并將它們輸入一個(gè)名為PRESENCE的黑匣子程序。但在Ram的幫助下，她寫出了一個(gè)能夠讀出標(biāo)記照片的R程序包，并對照片進(jìn)行精簡，然后將自定義數(shù)據(jù)子合集發(fā)送到R預(yù)先存在的模型程序包中�！爸拔乙�?jiǎng)邮痔魭?個(gè)小時(shí)的照片，而現(xiàn)在只需要做5分鐘�！盝ennings說。
另外，R的一個(gè)最偉大之處就是它的在線服務(wù)。Muenchen表示，有關(guān)R的討論區(qū)遠(yuǎn)超針對其他商業(yè)統(tǒng)計(jì)軟件的在線提問�！斑@種情況十分常見，一個(gè)人發(fā)布了一個(gè)問題，然后其他人在半小時(shí)內(nèi)開發(fā)出程序包來回答�！彼f。這樣的快速反應(yīng)對基礎(chǔ)研究領(lǐng)域的科學(xué)家非常重要。“我?guī)缀跄茉诰�找到任何問題的答案。”Royo說。
但與其他技能一樣，學(xué)習(xí)R并非一夕之功。但Jennings表示，它值得學(xué)習(xí)�！皩⑺鳛橐环N投入：為了之后的節(jié)省時(shí)間和構(gòu)建解決多種問題的技巧�！�
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