目前生物信息學(xué)探究性教學(xué)應(yīng)用于教學(xué)實(shí)踐的時(shí)間不長(zhǎng)，雖然取得了一定的成果，但在實(shí)踐環(huán)節(jié)還存在以下主要問題。

1.學(xué)生的基礎(chǔ)知識(shí)不扎實(shí)，導(dǎo)致探究性教學(xué)效果不好。生物信息學(xué)是生物、數(shù)學(xué)與計(jì)算機(jī)等學(xué)科形成的交叉學(xué)科，在進(jìn)行探究性的教學(xué)過程中，涉及到數(shù)學(xué)與計(jì)算機(jī)方面的知識(shí)和技術(shù)比較多，而生物背景的學(xué)生在這方面的知識(shí)比較欠缺或者不強(qiáng)，所以在探究性問題的自主探究時(shí)，表現(xiàn)出參與的興趣不高、設(shè)計(jì)的方案較為單一、小組協(xié)作的效率較低等實(shí)際問題，從而導(dǎo)致探究性教學(xué)效果不好。

2.學(xué)生的動(dòng)手實(shí)踐和創(chuàng)新能力不強(qiáng)，導(dǎo)致探究性教學(xué)沒有落到實(shí)處。在按照自主設(shè)計(jì)的探究方案進(jìn)行上機(jī)實(shí)踐時(shí)，大部分學(xué)生的自主設(shè)計(jì)方案不能在上機(jī)時(shí)間內(nèi)完成。除過設(shè)計(jì)較為復(fù)雜的情況外，大部分原因是由于學(xué)生自身對(duì)計(jì)算機(jī)的linux操作系統(tǒng)、perl編程語(yǔ)言以及相關(guān)的操作技術(shù)不熟造成的，有些細(xì)節(jié)在他們的自主設(shè)計(jì)中沒有考慮到，所以總會(huì)碰到很多超乎其想象的問題。本來這些問題在課外時(shí)間學(xué)生可以繼續(xù)解決，但由于學(xué)生的學(xué)習(xí)科目很多，上機(jī)沒有完成的內(nèi)容很少有學(xué)生在課外繼續(xù)探究，導(dǎo)致探究性的上機(jī)實(shí)踐活動(dòng)沒有落到實(shí)處。

3.教師的授課時(shí)間和水平限制，導(dǎo)致探究性教學(xué)的教師導(dǎo)向作用不明顯。教師能否提出啟發(fā)性的，適于進(jìn)行探究性的問題是探究性教學(xué)能否取得成功的關(guān)鍵所在。但是由于課時(shí)和教學(xué)內(nèi)容的限制，很多提出的問題還是以教師為中心，學(xué)生沿著教師的思路向統(tǒng)一的結(jié)果或者答案靠攏，學(xué)生并沒有根據(jù)自身的知識(shí)結(jié)構(gòu)從多種途徑進(jìn)行探索。

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