中科院昆明動(dòng)物研究所馬占山研究員與美國(guó)馬里蘭大學(xué)葉承羲、詹姆斯?約克等合作研究，在第三代基因測(cè)序組裝算法和軟件領(lǐng)域取得重大突破：研發(fā)出一種針對(duì)第三代測(cè)序技術(shù)特點(diǎn)的基因組裝新算法，并將其開發(fā)成一套命名為“DBG2OLC”的新軟件，攻克了目前向第三代測(cè)序技術(shù)進(jìn)行產(chǎn)業(yè)升級(jí)的最大技術(shù)障礙，不僅將我國(guó)三代基因測(cè)序軟件研究推進(jìn)到了國(guó)際領(lǐng)先水平，并使得云南在全國(guó)乃至全球基因產(chǎn)業(yè)升級(jí)中占據(jù)重要的戰(zhàn)略地位。

中美合作團(tuán)隊(duì)研發(fā)出第三代測(cè)序軟件技術(shù)“DBG2OLC”，在解決糾錯(cuò)難題的同時(shí)，更大幅度降低了基因組裝所需要的計(jì)算時(shí)間和對(duì)計(jì)算機(jī)內(nèi)存的需要（提高效率達(dá)百倍，理論上可達(dá)千倍），攻克了制約第三代測(cè)序技術(shù)發(fā)展的最大技術(shù)難題，能夠大幅度降低基因測(cè)序的硬件投資和測(cè)序成本。這一突破使得原本只有大型超級(jí)計(jì)算機(jī)才能完成的基因組裝任務(wù)，甚至可以在普通PC工作站上完成，并將推進(jìn)三代測(cè)序應(yīng)用范圍從目前主流的微生物基因組向大型動(dòng)植物、人類基因組領(lǐng)域迅速邁進(jìn)，從而為基因測(cè)序產(chǎn)業(yè)向三代技術(shù)升級(jí)創(chuàng)造了前所未有的重大機(jī)遇。

據(jù)了解，馬占山研究員留美期間獲得計(jì)算機(jī)科學(xué)和昆蟲學(xué)雙博士學(xué)位，具有在美國(guó)硅谷等地長(zhǎng)達(dá)8年多的涵蓋電子、網(wǎng)絡(luò)、軟件、信息安全領(lǐng)域的計(jì)算機(jī)高級(jí)工程師經(jīng)歷。他是中科院通過“百人計(jì)劃”全球公開招聘的10名“引進(jìn)杰出技術(shù)人才”之一，同年入選云南省科技廳“引進(jìn)高端科技人才”和省委組織部“引進(jìn)海外高層次人才”。此外，他還入選英國(guó)“生物醫(yī)學(xué)千名教授”，是目前該機(jī)構(gòu)在微生物進(jìn)化和基因組學(xué)領(lǐng)域的唯一華人。

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基因測(cè)序現(xiàn)已發(fā)展成一項(xiàng)相對(duì)成熟的生物產(chǎn)業(yè)，被應(yīng)用到生物、醫(yī)學(xué)、制藥、健康、食品、農(nóng)林、園藝、花卉、環(huán)保、法醫(yī)、生物安全等許多領(lǐng)域，全球基因測(cè)序產(chǎn)值超過百億美元，從起其產(chǎn)值年增長(zhǎng)速度超過了25%。第三代測(cè)序技術(shù)的三代測(cè)序儀上市已有3年，但目前市場(chǎng)仍為二代測(cè)序技術(shù)所壟斷。主要是第三代測(cè)序技術(shù)的“致命缺陷”是測(cè)序錯(cuò)誤率高，這一缺陷加大了第三代測(cè)序技術(shù)測(cè)序錯(cuò)誤檢測(cè)和糾正，以及最終基因組裝計(jì)算軟件設(shè)計(jì)的難度，使得現(xiàn)有第三代測(cè)序儀的組裝軟件基本只能高效率完成微生物基因組的組裝，對(duì)大型動(dòng)植物和人類基因組的計(jì)算則非常低效。

本文來(lái)自：逍遙右腦記憶 http://www.yy-art.cn/gaozhong/765655.html

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