學生在學習期間可以得到由來自文、理科各院系資深教授組成的學生學習指導委員會的全程指導。每位導師對指導對象進行選課、選專業(yè)、學習內(nèi)容及方法、思想品德等方面的指導。導師由相關院系推薦，北京大學校長聘任。
自由選擇專業(yè)為了充分調(diào)動學生學習的主動性和積極性，元培計劃實驗班學生原則上可自由選擇專業(yè)。學生進校時只按文、理分類，不分專業(yè)。低年級主要進行通識教育，在他們對北大的學科狀況、專業(yè)設置、培養(yǎng)目標等有了進一步了解后，可以根據(jù)自己的志趣于第二學期末提出專業(yè)選擇意向（可跨類，暫不包括外語類各專業(yè)、考古專業(yè)和醫(yī)學類各專業(yè)），一般在第三學期末最后確定專業(yè)。但每個學生修讀專業(yè)的最后確定還必須考慮相關專業(yè)教育資源及學生本人的綜合條件。
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