H3N2是三種季節(jié)性流感疫苗菌株之一。但是，如果H3N2菌株在傳播中變得與疫苗所用大為不同，該疫苗就會降低保護作用，從而就會導致更多的人患病。世衛(wèi)組織助理總干事福田敬二說：“對于當前的H3N2來說，我們沒有相關的研究，所以現在我們無法預測，當前季節(jié)性流感疫苗能在多大程度上防御H3N2�！�
不過，來自中國的一些早期觀察顯示，中國境內流行的主要的H3N2可能與該流感疫苗失配。季節(jié)性流感疫苗所用的H3N2菌株是布里斯班亞型，而據中國國家流感中心主任舒躍龍所稱，根據他們最近的研究，“當前流行的主要的H3N2菌株為類珀斯病毒”。舒躍龍同時指出，國家流感中心目前沒有數據可供預測季節(jié)性流感疫苗對于這一病毒亞型的效用。
另據美國疾控中心流感部主任Nancy Cox所述，自今年8月30日以來，新型H1N1病毒占到了全美分離亞型的99%以上。不過她同時表示，分離出的H3N2亞型中，類珀斯病毒占到了17%。
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