如果你已經(jīng)有了一種有機體的基因組序列圖譜,但想在圖譜中找到異常結(jié)構(gòu),那么你可以通過在一些靶點中切斷DNA序列并檢測切割點之間的距離來檢查基因條碼。然而,原始基因圖譜在允許研究有系統(tǒng)誤差存在的情況下可通過新一代測序技術(shù)如PCR獲得(包括任何擴增偏差)。為了補救這樣的情況,明尼蘇達大學(xué)和生物納米基因組學(xué)的研究人員研究通過使用動態(tài)時間序列數(shù)據(jù)來測量以納米通道為基礎(chǔ)的圖譜形式的概率分布。
“想象DNA骨架上的兩個標簽是由DNA彈簧構(gòu)型熵模型連接在一起的!盞evinDorfman說,他是明尼蘇達州大學(xué)科學(xué)與工程學(xué)教授。“如果這是一個彈簧振子……然后我們就期望看到其它彈簧長度正負位移的概率相等!
Dorfman和他的同事觀察到在標簽中壓縮比擴展要更多,并發(fā)現(xiàn)標簽中的大多數(shù)熱漲落是短暫的,這樣能夠幫助提高基因組繪圖的準確性。
“這樣的改進對復(fù)雜的樣本如癌癥、異質(zhì)細胞尤為重要,所以我們需要精確發(fā)現(xiàn)罕見事件的發(fā)生!盌orfman說。
研究人員使用傳統(tǒng)脈沖凝膠電泳方法遇到問題,其中基因圖譜是由限制性內(nèi)切酶切割DNA序列組裝的圖譜,常規(guī)方法是把DNA片段分為合適的大小。然而用納米通道的方法在每條DNA鏈上進行熒光標記,這樣就都會保持有序。
研究者通過標記的DNA開始,從大腸桿菌的細胞中提取的基因組DNA,剔除單個核苷酸和不同目標位置的核心區(qū),并插入熒光核苷酸到這些區(qū)域。每一個DNA鏈通常約有300,000個堿基對,之后將其注入到45納米寬的納米通道中。然后他們使用數(shù)碼相機拍攝出標簽的位置。而在納米通道記錄中典型的DNA單分子研究中記錄了幾十個分子的統(tǒng)計數(shù)據(jù),研究者的方法涉及到成千上萬的分子,每一種分子覆蓋了一系列標簽,之后得出數(shù)以百萬計兩個標簽之間距離的測量值,這對確定概率分布是非常必要的。
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