第一，凡是莖，都有節(jié)，不管是地上莖、地下莖、匍匐莖或鱗莖……，在它們上面都可以找到節(jié)。但有些節(jié)很明顯，有些節(jié)并不那么清楚。 而在根上沒有節(jié)。有時在根上也看到似乎像節(jié)一樣的形態(tài)，例如蘿卜的根上，也會有像馬鈴薯塊莖上的凹穴，其實這兩者是有本質(zhì)區(qū)別的，前者是蘿卜肉質(zhì)直根上側(cè)根脫落后的痕跡，而后者卻是長鱗片狀葉的節(jié)。
第二，凡是莖，都長葉。不管是什么莖，在其節(jié)上都會長出葉，即使在變態(tài)莖上也不例外，只不過它們的葉有時很不明顯，或者長得很細小，不注意時幾乎看不清，這些葉在形態(tài)上和正常的葉差別很大，有時呈膜質(zhì)，有時呈鱗片狀或者呈鞘狀，這都是在特殊環(huán)境中，由正常葉轉(zhuǎn)化而來的。在莖的葉腋處有芽，這些芽有些是長成枝條的，因此枝條也總是長在芽上，“節(jié)外生枝”的情況是極少見的，偶而在梔子花的莖上可以看到。 但在根上決不會長葉，它即不會長正常的葉，也不可能長出特化的葉。在成千上萬種植物中，沒有一種植物的根上會長出一片葉的。
第三個特點是莖上能開花。所有開花的植物，花都是從莖上長出來的。即使變態(tài)的莖，也有開花的特性，如荷花就是從要有莖上長出來的，也就是從藕的側(cè)芽上發(fā)育而成的，有少數(shù)幾種植物，花朵會從葉片上開放，如百部，這是由于花梗同葉柄結(jié)合起來的緣故，使看上去花朵像著生在葉片上。 而在根上是不可能長出一個花蕾，而開出一朵鮮花的。在某些植物的根上有時會長出一些芽，如構(gòu)樹的根上會長芽，發(fā)展成為一棵新的植株。但這種芽生長的位置從來不固定，誰也說不準它會從什么地方冒出來。它不同于莖上的側(cè)芽、頂芽有固定的部位。因此根上的這種芽，屬于不定芽。這種芽始終是一種葉芽，決不可能是花芽。在熱帶地方，某些植物的根上會長出一朵巨大的花，叫大王花，其直徑可達1.4米，這其實是一種寄生現(xiàn)象，是大王花寄生的某些植物的根上，是兩種植物間的寄生關(guān)系，并非在某種植物的根上開出自己的花。
根據(jù)以上三方面的比較，區(qū)分根和莖就不困難了。
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