分子構(gòu)造（constitution）是指分子中原子相互聯(lián)結(jié)的方式和次序，過去長期以來稱為分子結(jié)構(gòu)（structure），根據(jù)國際純粹和應(yīng)用化學聯(lián)合會的建議，改為“構(gòu)造”�！敖Y(jié)構(gòu)”一詞應(yīng)用在廣泛的范圍，例如物質(zhì)結(jié)構(gòu)、原子的電子結(jié)構(gòu)等等。分子結(jié)構(gòu)也具有廣泛的含意，除包括分子構(gòu)造外，還包括分子構(gòu)型（configuration）和分子構(gòu)象（conformation）等。從分子構(gòu)造到分子構(gòu)型和分
子構(gòu)象是化學家們一個接一個對化學物質(zhì)性質(zhì)的研究逐漸認識到的，推動了化學科學的發(fā)展。
分子構(gòu)造的研究是從同分異構(gòu)體的出現(xiàn)開始的。
18世紀末、19世紀初，由于分析化學迅速發(fā)展，新的化合物不斷被發(fā)現(xiàn)。19世紀20年代里，化學家們開始發(fā)現(xiàn)到一些物質(zhì)的化學組成相同，但是性質(zhì)各異。這在當時來說，是不可思議的。因為當時化學家們認為物質(zhì)的性質(zhì)只決定于它的組成，每一個物質(zhì)有一固定的組成，這是18世紀末確立的定組成定律。后來，這個定律的逆定律也被確認，即具有相同組成的物質(zhì)必定是同一種物質(zhì)�，F(xiàn)在競?cè)怀霈F(xiàn)組成相同而性質(zhì)各異的物質(zhì)了。
貝齊里烏斯在1832年他編的《物理化學進展年報》中發(fā)表文章，指出“它們由相同元素的相同數(shù)目的原子組成，但是它們的原子按不同的方式排列，因而具有不同的化學性質(zhì)�！辈⑻岢鰧⑾嗤M成而不同性質(zhì)的物質(zhì)稱為isomers。這一詞來自希臘文，“iso”是“相同”，“mer”是“部分”，直譯就是“相同部分”，現(xiàn)在譯為“同分異構(gòu)體”。
同分異構(gòu)體現(xiàn)象的發(fā)現(xiàn)開始了分子構(gòu)造的研究。這種現(xiàn)象表明，物質(zhì)分子的化學和物理性質(zhì)不僅取決于組成分子的元素原子的種類和數(shù)目，而且還取決于原子的排列。
到1861年，俄羅斯化學家布特洛夫出席在德國斯拜爾（Speyer）召開的第36次自然科學家和醫(yī)師代表大會，發(fā)表為《論物質(zhì)結(jié)構(gòu)》的演說，明確指出“一分子的性質(zhì)決定于它基本組分的性質(zhì)、數(shù)量和排列，這是已知的規(guī)則，這個規(guī)則現(xiàn)在可以修訂成下列方式：一分子的化學性質(zhì)決定于基本組分的性質(zhì)和數(shù)量，還決定于它的化學結(jié)構(gòu)�！�
布特列洛夫明確分子構(gòu)造是可知的，提出確定分子構(gòu)造的途徑。他說：“研究不同化合物化學結(jié)構(gòu)的最好途徑大概是合成它們�！硪环矫�，在某種程度上從分解過程也能確定化學結(jié)構(gòu)�！辈继亓新宸蛩f的“化學結(jié)構(gòu)”正是“分子構(gòu)造”。
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